O Colégio Mãe Deus tem os fundamentos do seu sistema de educação embasados em três princípios filosóficos. Dois de São Tomás de Aquino: “A ordem do ser é a ordem do agir” e “a graça pressupõe a natureza; a graça não destrói, mas aperfeiçoa e eleva a natureza” e um de São Francisco de Sales: “o amor é a lei fundamental do um mundo”. Nestes princípios, vemos delineados os traços básicos para os fins e os objetivos da Educação no Colégio Mãe de Deus. Além dos princípios filosóficos, o Sistema Pedagógico de Schoenstatt apresenta três pilares que fundamentam a dinâmica do desenvolvimento de cada ser humano: amor, liberdade e autonomia. O amor é uma potência educativa.
O Sistema Pedagógico de Schoenstatt visa uma educação onde a pessoa, como ser único e original percorre o caminho da auto-educação, sendo incentivada para decidir-se sempre para o bem, para aquilo que lhe faz bem e para aquilo que lhe convém como ser humano. Neste contexto vemos o processo da formação de personalidades interiormente livres. A autonomia, por sua vez, é um pilar importante que sustenta a ação pedagógica proposta pelo Sistema Pedagógico de Schoenstatt.
Os princípios que embasam toda a atuação pedagógica desenvolvida no Colégio Mãe de Deus são válidos para todos os tempos, para todos os ambientes e para todo ser humano, visto que tem seu último fundamento em Deus, o princípio e o fim de todas as coisas.
