Desde 1945, o Colégio Mãe de Deus investe na Música. Graças ao know-how construído com muita dedicação e talento, o CMD conseguiu reconhecimento nacional e internacional nesta área. Um dos primeiros investimentos nessa direção foi a criação do Conservatório de Música Mãe de Deus em 1956, que abriu caminho para implantação da Faculdade de Música Mãe de Deus, dirigida por Ir. Maria Wilfried Gassemayer, que trouxe o Método Suzuki ao Brasil.
Alguns anos depois, foi celebrado um convênio entre a Universidade Estadual de Londrina – UEL e o Colégio Mãe de Deus, este cedeu a sua estrutura física para abrigar o curso de licenciatura em Música da universidade, pois a estrutura do Colégio atendia as exigências do MEC. A Instituição também colabora com o Festival de Música de Londrina, desde o seu lançamento, sediando no seu espaço físico do colégio, cursos e apresentações durante o festival, bem como outros eventos importantes no cenário musical em nível Nacional e Internacional.
Outro destaque desta área é o encanto de todos os que prestigiam o coral da Instituição na Cantata de Natal, que acontece nas janelas de sua Ala Histórica.
