O Colégio Mãe de Deus referencia seu Projeto Pedagógico no Sistema Pedagógico de Schoenstatt, cuja meta é formação do homem novo na nova comunidade. Entendemos por homem novo aquele que se decide livremente e vive conforme as leis do ser criadas por Deus. Tal personalidade contribuirá sempre para a vida borbulhante no ambiente em que está inserido e sobre o qual exerce influência, formando assim, a nova comunidade.
Tais metas, com perspectivas para o futuro, fazem com que o sistema educacional aplicado no Colégio Mãe de Deus seja sempre imerso no processo de vida, unindo a teoria à prática, como uma síntese criadora nascida de uma cosmovisão católica. Por isso é possibilitado ao aluno desenvolver todas as suas potencialidades e formar-se tanto para a plenitude do saber científico como para a plenitude do ser numa atitude respeitosa por parte do educador que desperta no educando todas as capacidades e o impulso de buscar no cotidiano de sua vida as características da idéia original que Deus tem de si.
